SDM berfungsi merencanakan, melaksanakan dan mengevaluasi pelaksanaan pilar strategis pengelolaan perencanaan dan pembangunan Sumber Daya Manusia. Mengkoordinasikan dan memonitoring pelaksanaan kegiatan pengelolaan SDM mulai dari perencanaan, implementasi, dan pengelolaan hubungan industrial baik kepada serikat pekerja, pemerintah, dan stakeholder lainnya serta mengelola risiko yang mungkin terjadi.

Struktur organisasi perusahaan telah disahkan pada tanggal 1 Agustus 2022 melalui Keputusan Direksi PT. Jembatan Nusantara Nomor: 1.01240/SW08/DU/KD/JN/VIII/22 tentang Organisasi dan Tata Kerja Perusahaan di Lingkungan PT. Jembatan Nusantara dan telah diterapkan. Dalam menjalankan kegiatan usaha, seorang Direktur Utama dibantu oleh 2 (dua) Direktur dimana masing masing Direktur membawahi General Manager dan Manager. Kedua Direktur tersebut memimpin 4 Departemen.

Jumlah karyawan saat ini adalah sebanyak 1534  karyawan yang terdiri dari 438 Karyawan Darat dan 1096 Karyawan Laut.